«В современной науке объемы данных постоянно растут»

В России впервые прошла школа по биоинформатике Cold Spring Harbour

В России впервые проходит образовательный курс по биоинформатике по программе ведущей мировой лаборатории молекулярной биологии — Cold Spring Harbor. Корреспондент «Газеты.Ru» побывала на «школе» и выяснила, зачем российской науке биоинформатика и чем американская система преподавания отличается от российской.

Образовательный курс «Анализ геномных данных» с участием преподавателей лаборатории Cold Spring Harbor (CSHL) организован «Роснано», «Сколтех», фондом «Династия» и фирмой «ИнтерЛабСервис». Большинство студентов — аспиранты и молодые кандидаты наук из академических лабораторий, однако есть и представители биотехнологических компаний, впрочем, тоже тесно связанных с наукой. Учебу проходят сотрудники ряда институтов РАН — Института биоорганической химии, Института биологии гена, Института проблем передачи информации, СО РАН. Все обучение проходит на английском языке, на английском же студенты подавали заявки для участия.

CSHL является самым успешным научным и образовательным центром биомедицинского направления, который устойчиво занимает первое место в рейтинге Thomson Reuters по публикациям в области молекулярной биологии и генетики.

«Это потрясающий опыт, — говорит один из преподавателей, профессор Северо-Западного университета (Иллинойс) Розмари Браун. — Студенты замечательно подготовлены, очень заинтересованы и схватывают на лету. Что особенно приятно и мотивирует меня как преподавателя — я ощущаю, что происходит обмен информацией. Студенты задают вопросы, и я сама учусь, общаясь со студентами».

Из более чем сотни претендентов были отобраны лишь 16. Занятия в маленькой группе проходят отчасти в формате диалога с преподавателем, так как учеба касается практических аспектов анализа геномных данных. «Уроки» включают в себя и лекции, и практические занятия на компьютерах. Двое преподавателей — Марк Реймерс и Розмари Браун — приехали из США. Кроме того, лекции читают российские эксперты, в числе которых Михаил Гельфанд, а часть занятий будут проходить в формате Skype-лекций, которые эксперты из США прочтут с помощью видеосвязи.

Учебный план очень насыщенный, студенты работают с 8.30 утра и до позднего вечера: Skype-лекции из-за разницы во времени проходят как раз поздним вечером.

Студенты-участники школы отмечают важность получения самых современных научных знаний, устанавливают научные контакты и планируют внедрить изученные методики в своих лабораториях.

«Это очень хороший курс, мы очень рады принять в нем участие. Здесь мы знакомимся с современными методами обработки объемных биологических данных. В современной науке объемы данных постоянно растут, их уже нельзя обрабатывать с карандашом и листом бумаги.

Биологи зовут на помощь компьютерщиков, компьютерщикам нужно работать с биологами, чтобы понимать постановку задачи.

Мы осваиваем рабочие методы обработки информации, которые сейчас активно используются на Западе, и сравниваем с нашими, это очень важно.

Кроме того, здесь мы все из разных областей знания — есть и компьютерщики, и биологи. Мы устанавливаем профессиональные контакты, возможно, сможем работать в коллаборации. Мы объединяем наши усилия, чтобы каждый мог внести свой вклад и в области фундаментальной науки, и в области применений — медицину, сельское хозяйство, экологию», — сказал Александр Тяхт, студент школы из НИИ физико-химической медицины.

«У нас есть такая проблема: люди приходят, и нужно проводить «курс молодого бойца», учиться анализировать данные, полученные с помощью различных методов, очень много информации.

И, чтобы правильно ее интерпретировать, чтобы не закопаться, а сделать правильные выводы, нам нужно применять новые методы анализа этих данных, чему нас и учат здесь.

В нашей лаборатории, например, мы занимаемся геномикой бактерий, в том числе социально значимых типа туберкулеза, геномикой человека, генетическим тестированием, метагеномикой — это изучение геномного материала из среды, например, организма человека, почвы, озера, это очень важно для изучения здоровья человека. Теперь я смогу поделиться своими знаниями со студентами, которые работают у нас», — пояснил Тяхт.

«Это мой восьмой курс в Cold Spring Harbor. В первый раз меня пригласили организовать курс в 2005 году. В этот раз инициатива исходила от Татьяны Николенко из «Роснано» — она обратилась в CSHL, а они уже перенаправили ее ко мне. Мы организуем выездные курсы на базе наших программ в разных местах, отчасти модифицируя их под аудиторию, ее задачи. Недавно, например, подобный курс читался в Бассано, в Италии. Этот курс тоже имеет свои отличия — он более математизированный, так как среди студентов больше людей с математическим бэкграундом», — пояснил профессор Марк Реймерс из Медицинской школы Университета Вирджинии.

«Эта школа организована очень хорошо, но всегда есть отдельные трудности.

Английский не родной язык для студентов, и нам немного трудно общаться с ними так свободно и неформально, как нам бы хотелось.

Иногда прямо заметно, какие ребята прикладывают усилия, чтобы все хорошо усвоить. Несмотря на это, у нас случаются очень интересные дискуссии, студенты очень стараются, они очень мотивированы и заинтересованы. Для нас очень важно спровоцировать обсуждение, вопросы. Потому что в науке важно не только овладеть каким-то умением, но и правильно поставить задачу, в нужный момент задать вопрос. Научный уровень студентов очень хороший, в среднем несколько выше, чем у наших обычных студентов в Cold Spring Harbor. У нас было более ста заявок, и я надеюсь, что мы прочитаем этот курс еще раз, чтобы охватить большую аудиторию», — подытожил Реймерс.