Жизнеописание одного вируса

О штамме «омикрон», его родственниках и «карьерном» росте

Впервые об «омикрон»-штамме мы услышали в конце ноября 2021 года, когда в международную базу данных GISAID были загружены первые последовательности генома коронавируса SARS-CoV-2, полученные секвенированием образцов от пациентов из ЮАР и Ботсваны. Они привлекли к себе внимание ученых очень большим числом мутаций, особенно в гене спайкового белка, и уже тогда заподозрили, что такой вариант вируса может обладать какими-то особыми свойствами.

По крайней мере долю мутаций «омикрона» мы ранее детектировали и в других значимых штаммах – той же «альфе», «бете» или «дельте», но никогда не видели их столько сразу в одном геноме, и из этого и следовали неприятные прогнозы касаемо возможной повышенной трансмиссивности вируса, а также умения обходить иммунную защиту. И действительно, число загруженных последовательностей генома «омикрона» в международной базе данных очень быстро росло, как и число заболевших в Южной Африке, и вскоре после этого он стал обнаруживаться и в других странах, практически вытеснив вариант «дельта» в большинстве регионов планеты. Под первый удар попали те страны, у которых было налажено активное авиасообщение со странами Южной Африки – например, Великобритания. Впрочем, у них же у первых начался и спад заболеваемости. Последнее дало возможность остальным странам прогнозировать эпидситуацию на своих территориях. Но так или иначе, сейчас «омикрон» распространен повсеместно, хотя не факт, что он полностью вытеснит «дельту» из-за ослабленного перекрестного иммунитета.

Сам новый штамм действительно оказался намного более заразным, чем все предыдущие штаммы, и, кроме того, умел частично обходить иммунную защиту как у переболевших ранее, так и у вакцинированных – особенно тех, кто болел или поставил прививку давно.

Впрочем, здесь все же стоит сразу оговориться. Часто упоминаемое легкое течение заболевания при инфицировании «омикроном» необязательно выступает только свойством самого нового штамма. На самом деле, в большинстве стран мира подавляющая часть населения так или иначе уже иммунизировалась. Где-то этого добились с помощью активной программы вакцинации, где-то, как, например, в ЮАР, очень высок процент переболевших (по неофициальным данным, переболели до 80-90% населения страны), а вообще многие уже и переболели, и были вакцинированы, и у таких сейчас – наиболее сильная защита против вируса. Если бы «омикрон» появился в 2020 году, то последствия могли бы быть похожими на кадры из фильма ужасов. Потому истинная летальность этого штамма просто уже не проявляется – изменилось окружение.

Стоит также отметить, что рост числа детских госпитализаций по всему миру сейчас, возможно, связан с тем, что эту группу в большинстве своем не вакцинировали и, кроме того, дети были частично невосприимчивы к другим штаммам, по крайней мере, вирусу было намного сложнее их заражать. Поэтому именно эта группа осталась одной из наиболее беззащитных против «омикрона». В общем-то, яркий пример пользы вакцинации.

При этом, напомню, до «омикрона» вовсю бушевала «дельта», которая вызвала подъемы заболеваемости и летальных исходов во всем мире. В той же Индии в мае 2021 года только официально ежедневно выявлялось до 400 тыс. новых больных и ситуация в больницах была просто катастрофическая. Сейчас в Индии на «омикроне» цифры по заболевшим и летальным исходам хотя и высоки, но все же существенно ниже, чем при «дельте», что также показывает увеличение доли иммунной прослойки среди населения и некий начавшийся переход пандемии в статус эндемии. Просто где-то этого добились с помощью вакцинации, а где-то – высокой ценой здоровья и жизней людей. И зачастую, по крайней мере в развитых странах, имеющих свои собственные вакцины, именно население самостоятельно выбирало свой путь обретения защиты против вируса.

Что касается различных подвариантов, то та же «дельта» разделилась на большое число сублиний, которые, впрочем, не сильно отличались друг от друга свойствами, и редко какая-то одна начинала выигрывать у других. Но при этом произошло расслоение многих линий «дельты» по отдельным странам. И в некоторых, в том числе в России, были свои доминирующие подлинии. Считалось также многими, что «дельта» станет конечной ветвью эволюции коронавируса и далее мы увидим лишь некоторые минорные улучшения патогена. Однако вирус нас вновь обманул, появившись в новом облике «омикрона».

Доминирующая сейчас линия этого штамма, известная как BA.1, является причиной подавляющего числа подтвержденных новых случаев заражения коронавирусом во всем мире. По данным ВОЗ, по состоянию на 31 января 2022 года BA.1 составлял 96,4% последовательностей, загруженными в GISAID. Однако другой подвариант, известный как BA.2 и отличающийся от BA.1 парой десятков мутаций, уже начал вытеснять его в некоторых регионах. При этом некоторыми специалистами считается, и обоснованно, что BA.2 является не потомком BA.1, а скорее некоторой независимой ветвью, которая могла, что называется, выйти из того же самого пациента в ЮАР, который и дал рождение «омикрону», хотя вопрос происхождения последнего остается открытым. Потому BA.2 часто называют не дочерней, а «сестринской» сублинией BA.1. Сейчас за распространением BA.2 внимательно следят во многих странах, включая Данию, Индию и Непал, где эта линия стала доминирующей, и потому мы знаем про некоторые уникальные свойства сублинии.

BA.2 также был назван «невидимкой», так как в нем отсутствует генетическая делеция двух аминокислот в шиповидном белке – части вируса, которая помогает ему проникнуть в клетки человека. Собственно, эта мутация и использовалась многими зарубежными ПЦР-тестами для того чтобы детектировать штамм «омикрон», отличая его от «дельты». А тут получилось, что как бы и «омикрон», но делеции нет, и потому тесты промахивались. Стоит сказать, что секвенирование генома вируса при этом гарантированно выявляет все изменения в нуклеотидной последовательности патогена, и в таком случае ошибки практически исключены. Кроме того, пока так и не было обнаружено различий в тяжести течения заболевания, вызванного двумя подвариантами «омикрона». И отдельный открытый вопрос – можно ли заразиться BA.2 после BA.1, и наоборот. Пока таких достоверных случаев не задокументировано.

Однако повышенная трансмиссивность BA.2 означает, что он может стать доминирующим штаммом во всем мире, но он также может и исчезнуть, если его вытеснит другой вариант или же он столкнется с эффективными мерами противодействия.

В том числе по этой причине на данный момент существенно активизирована работа по изучению геномов нового коронавируса, и в базе данных VGARus быстро растет число загруженных геномных последовательностей, составляя сейчас почти 90 тыс. записей, из них треть – в 2022 году. Сейчас последовательностей «омикрона» в базе более 14 тыс., из которых BA.2 – около 500. Случаев инфицирования третьей линией «омикрона» BA.3, которая также имеет свои отличия и не получила широкого распространения в мире, в РФ не отмечено.

Поделиться:
Загрузка
Найдена ошибка?
Закрыть