Сергей Пускепалис родился 15 апреля 1966 года в Курской области. Отец долгое время работал геологом, поэтому семья часто переезжала. За свое детство Сергей успел пожить на Чукотке, в Ставропольском крае, а в возрасте 14 лет переехал с родителями в Саратов.
По окончании школы поступил в Саратовское театральное училище имени И.А. Слонова, учился на курсе Народного артиста СССР Юрия Киселева. Отслужил срочную службу на флоте, в Североморске. С 1988 по 1998 год работал в Саратовском театре юного зрителя. Продолжил обучение в ГИТИСе, где окончил режиссерский факультет под руководством знаменитого Петра Фоменко.
В качестве театрального режиссера Сергей Пускепалис ставил спектакли во многих городах страны. С 2019 по 2022 год он был художественным руководителем Российского государственного академического театра драмы имени Федора Волкова в Ярославле.
«Каждая роль — это не просто персонаж, это кусочек души, который я дарю зрителю. Искусство — это не просто способ выразить чувства, это способ понять себя и окружающий мир», — говорил Пускепалис.
Широкому зрителю Сергей Пускепалис известен в качестве киноактера. Его первая роль в художественном фильме режиссера Алексея Учителя «Прогулка» была эпизодической. За этим последовало плодотворное сотрудничество с режиссером Алексеем Попогребским, который снял фильмы «Простые вещи» и «Как я провел этим летом». Обе картины удостоились признания и международных наград. Сергей Пускепалис получил «Серебряного медведя» как лучший актер Берлинского кинофестиваля 2010 года.
Всего в фильмографии Сергея Пускепалиса около 70 картин, включая «Метро», «Крик совы», «Битва за Севастополь», «Хождение по мукам», «Сердце Пармы», «1941. Крылья над Берлином» и др.
Общественной жизни актер также не чуждался. В 2020 году он стал заместителем главы партии «За правду» (будущая «Справедливая Россия — За правду»). Поддержал начало специальной военной операции. Не раз ездил в ДНР с гуманитарными грузами. Во время одной из таких поездок, в 2022 году, артист погиб в ДТП на трассе М8 «Холмогоры»: его фургон столкнулся с фурой.
Сергей Пускепалис был дважды женат. Его сын Глеб также стал актером.
