Место проведения ассамблеи до утра субботы, во избежание провокаций со стороны прокремлевских молодежных движений, держалось в строжайшей тайне. Журналистам была назначена встреча у метро «Новослободская», где выдавались схемы прохода к месту проведения ассамблеи. Однако провокаций все же избежать не удалось. За полчаса до открытия мероприятия к офисному зданию на Краснопролетарской улице, где намечалось проведение мероприятия, подошло несколько десятков человек с плакатами, направленными против участников ассамблеи. Они выкрикивали лозунги: «Россия не продается», «Вас купила Америка». В ответ участники ассамблеи стали бросать в молодых людей различные легкие предметы, мелкие деньги и поливать их соком. Некоторые участники акции полезли в драку, однако соратники вовремя растащили драчунов. На куртках провокаторов, по замечаниям «другороссов», были надписи «Молодая гвардия» и «Единая Россия». После этого инцидента у здания появились два небольших автобуса с ОМОНом, молодогвардейцев забрали в отделение для проведения профилактической работы.
Впрочем, на этом неприятности участников ассамблеи не закончились.
Во время выступления одного из лидеров «Другой России» Гарри Каспарова, открывавшего заседание, провокаторы, проникшие в помещение с помощью журналистских удостоверений региональной телекомпании «Пилот», запустили радиоуправляемые летающие «фаллоимитаторы».
Каспаров отреагировал: «Наши оппоненты в очередной раз продемонстрировали свои способности вести дискуссию. У кого что болит. Видимо, обитателям Кремля не дает спать демографический вопрос».
Вообще в ассамблее приняли участие активисты 85 организаций из 66 регионов России – представители коалиции «Другая Россия», молодежные движения «Смена», «Оборона», нацболы и ОГФ, члены СПС, «яблочники», члены РНДС Михаила Касьянова, активисты КПРФ, представители Республиканской партии Владимира Рыжкова, а также делегаты ультралевых движений КПСС — «Армия воли народа (организация запрещена в России)», «Союз офицеров» и «Великая Россия».
Началось заседание Национальной ассамблеи с подписания ее участниками Хартии, текст которой был выверен и утвержден заранее. «Национальная ассамблея создается для защиты гражданских свобод, политических прав, здоровья и жизни российских граждан, восстановления правового порядка, политической демократии и народного представительства в России. Мы едины в нашем несогласии с курсом нынешнего политического режима, ведущего страну к национальной катастрофе. Нас объединяет тревога за настоящее и будущее России. Мы осознаем необходимость объединения наших усилий ради свободы и процветания нашей Родины», — записано в хартии. Оставляя свой автограф под документом, приглашенные автоматически приобретали статус депутатов ассамблеи.
Обращаясь к депутатам, Каспаров заявил, что ассамблея должна стать противовесом «ущербной, нелегитимной, позорной Госдуме». «Ассамблея, собравшая весь спектр политических и идеологических сил — от национал-патриотов до правозащитников, представляет собой уникальное явление в российской истории. Это первый представительный орган, не навязанный сверху властью», — вдохновенно заявил Каспаров.
Лидер недавно оформленного политического союза «Либеральная хартия», бывший советник президента по экономическим вопросам Андрей Илларионов назвал ассамблею площадкой для объединения внутренне свободных людей. «Мы объединены не для того, чтобы служить кому-то, мы объединены потому, что мы свободные люди, делаем что хотим, делаем это вместе», — подхватил слова товарища Михаил Делягин.
«Мы должны сочетать набор протестно-уличной активности с разработкой программ развития страны. Мы должны быть готовы бороться за власть, когда в России грянет системный кризис или будут созданы условия для проведения свободных выборов», — объяснил в интервью «Газете.Ru» Каспаров цель создания теневого парламента. Впрочем, экс-глава Центробанка Виктор Геращенко не склонен придавать столь серьезное значение ассамблее. «Я не согласен с тем, что ассамблея может стать альтернативным парламентом, она, скорее, призвана стать трибуной, рупором для людей, которые понимают, как можно изменить ситуацию в стране», — поделился он своей точкой зрения с «Газетой.Ru». Действительно, на ассамблее получили возможность высказаться представители всех оппозиционных движений. Левые винили во всех бедах России первого президента Бориса Ельцина, а либералы в один голос предрекали скорый и неминуемый кризис российской государственности.
По окончании выступлений участники избрали президиум Национальной ассамблеи. В него вошли: лидер московского отделения «Великой России» Александр Краснов, лидер петербургского отделения «Яблока» Максим Резник, лидер РКП-КПСС Алексей Пригарин, экс-депутат Госдумы от коммунистов Александр Кондауров, лидер политического крыла «Либеральной хартии» Андрей Илларионов, бывший председатель ЦБ России Виктор Геращенко, лидер ОГФ Гарри Каспаров, один из лидеров «Другой России» Эдуард Лимонов, лидер КПСС Олег Шенин.
Затем был избран совет Национальной ассамблеи в составе 50 человек. В него вошли представители большинства организаций, принявших участие в прошедшем мероприятии. Также по аналогии с парламентом были сформированы девять комитетов. Комитет по основам государственного устройства возглавил политолог Александр Осовцов, комитет по правам человека – правозащитник Лев Пономарев, комитет по национальной политике – председатель исламского комитета России Гейдар Джемаль, комитет по взаимодействию с общественными и политическими организациями – главный редактор «Ежедневного журнала» Александр Рыклин, комитет по выборам – преподаватель Сергей Аксенов, комитет по взаимодействию с группами социального протеста – лидер движения АКМ Сергей Удальцов, комитет по свободе слова и СМИ – экс-главный редактор сайта КПРФ Анатолий Баранов, комитет по свободе совести — Сергей Мозговой, комитет по организации гражданского трибунала — глава исполкома «Фронта национального спасения» Валерий Смирнов. Члены комитетов планируют работать между сессиями ассамблеи в комитетах посредством интернет-связи. Параллельно будет проходить создание отделений Национальной ассамблеи в регионах.