Вороненков обвиняется в фальсификации сведений, указанных в Едином реестре юридических лиц, а также в мошенничестве, совершенном в особо крупном размере. По мнению правоохранителей, он причастен к попытке рейдерского захвата старинного особняка в Москве.
В апреле 2015 года московское управление Следственного комитета РФ направило в Госдуму материалы о лишении Вороненкова депутатской неприкосновенности и даче согласия на привлечение его в качестве обвиняемого. Вороненков, не имея на то права, подыскал покупателя для особняка общей площадью 1,5 тыс. кв. м, который расположен по адресу Международная улица, дом 38. Стоимость здания оценивается в 127 млн руб., а принадлежало оно единственному учредителю ООО «Тома» Отари Кобахидзе. За это, по версии следствия, депутат получил аванс — $100 тыс.
Вороненков в середине 1990-х годов работал в Военной прокуратуре, а с 2000 года устроился референтом в политическое движение «Единство», которое потом было преобразовано в «Единую Россию». После этого он работал заместителем мэра города Нарьян-Мар Ненецкого автономного округа, а в 2004–2007 годах служил в ФСКН, был под началом скандально известного генерала Александра Бульбова, который обвинялся в незаконной прослушке телефонных переговоров при расследовании дела о контрабандных поставках мебели в торговый дом «Три кита».
Будучи депутатом российского парламента, Вороненков принял участие в работе над более чем 20 различными законопроектами.
Например, в июле 2016 года политик просил глав ФСБ и Минкомсвязи ввести запрет на распространение в России мобильной игры Pokemon Go, пользователи которой, по его мнению, могут стать участниками шпионажа и даже теракта.
В 2016 году Вороненков стал кандидатом в депутаты Госдумы VII созыва по одномандатному избирательному округу № 129 Нижегородской области, но проиграл выборы.
В марте 2015 года он женился на депутате Госдумы от «Единой России» и оперной солистке Мариинского театра Марии Максаковой (признана в РФ иностранным агентом)-Ингенбергс, гражданке России и Германии. Через год у пары родился сын Иван.
Коммунист Вороненков после событий 2014 года на Майдане заявил следующее: «Украина сегодня — это не только трагедия братского нам народа. Это урок всем нам! Вот что происходит с молодежью, которая целенаправленно в течение многих лет подвергается определенному воздействию. Через СМИ, фильмы, песни, школу, бытовое поведение окружающих. 25 лет несколько поколений молодых людей воспитывались в антироссийском и русофобском духе. Результат мы видим».
Эмиграцию на Украину Вороненков объяснил тем, что подвергся необоснованному преследованию в России со стороны ФСБ. Он выступил с критикой российских властей. Также бывший парламентарий заявил, что не голосовал за ратификацию договора о присоединении Крыма к России и что жители Крыма на референдуме 16 марта 2014 года голосовали только из материальных соображений. Максакова в беседе с российским СМИ заявила, что в момент голосования Думы по присоединению Крыма она специально уехала на отдых в Таиланд, чтобы не принимать участия в этом заседании парламента.
Один из руководителей КПРФ — Иван Мельников заявил, что сейчас Вороненков имеет украинское гражданство, а поэтому не считается больше членом Коммунистической партии, так как иностранцы входить в эту структуру не имеют права. В настоящий момент Вороненков объявлен в федеральный розыск.