Группа 1.
ГАК (Австрия) - «Литекс» (Болгария).
«Лацио» (Италия) - «Металлург» (Украина).
«Боде-Глимт» (Норвегия) - «Бешикташ» (Турция).
«Шелборн» (Ирландия) - «Лилль» (Франция).
«Хартс» (Шотландия) - «Брага» (Португалия).
Группа 2.
«Аустрия» (Австрия) - «Легия» (Польша).
«Дукла» (Баньска-Быстрица, Словакия) - «Бенфика» (Португалия).
«Партизан» (Сербия и Черногория) - «Динамо» (Румыния).
«Парма» (Италия) - «Марибор» (Словения).
«Сарагоса» (Испания) - «Сигма» (Чехия).
Группа 3.
«Спортинг» (Португалия) - «Рапид» (Австрия).
«Ньюкасл» (Англия) - «Хапоэль Бней-Сахин» (Израиль).
«Стяуа» (Румыния) - ЦСКА (Болгария).
«Висла» (Польша) - «Динамо» (Грузия).
«Утрехт» (Нидерланды) - «Юргорден» (Швеция).
Группа 4.
«Миллуол» (Англия) - «Ференцварош» (Венгрия).
«Шальке-04» (Германия) - «Металлург» (Латвия).
«Маккаби-Хайфа» (Израиль) - «Днепр» (Украина).
«Терек» (Россия) - «Базель» (Швейцария).
«Гренленд» (Норвегия) - «Фейенорд» (Нидерланды).
Группа 5.
«Ольборг» (Дания) - «Осер» (Франция).
«Севилья» (Испания) - «Насьональ» (Португалия).
«Горица» (Хорватия) - АЕК (Греция).
«Льеж» (Бельгия) - «Бохум» (Германия).
«Црвена Звезда» (Сербия и Черногория) - «Зенит» (Россия).
Группа 6.
«Трабзонспор» (Турция) - «Атлетик» (Испания).
«Уйпешт» (Венгрия) - «Штутгарт» (Германия).
«Маккаби» Петах-Тиква (Израиль) - «Херенвен» (Нидерланды).
«Паниониос» (Греция) - «Удинезе» (Италия).
«Левски» (Болгария) - «Беверен» (Бельгия).
Группа 7.
«Динамо» (Загреб, Хорватия) - «Эльфсборг» (Швеция).
«Хафнарфьордур» (Исландия) - «Алемания» (Германия).
«Миддлсбро» (Англия) - «Баник» (Чехия).
«Брюгге» (Бельгия) - «Шатору» (Франция).
ПАОК (Греция) - «Алкмар» (Нидерланды).
Группа 8.
«Вентспилс» (Латвия) - «Амика» (Польша).
«Сошо» (Франция) - «Стабек» (Норвегия).
«Эгалео» (Греция) - «Генчлербирлиги» (Турция).
«Глазго Рейнджерс» (Шотландия) - «Маритиму» (Португалия).
«Вильярреаль» (Испания) - «Хаммарбю» (Швеция).