Биологи впервые смогли полностью расшифровать и изучить геном обычной культурной пшеницы, который содержит в себе рекордные 17 миллиардов нуклеотидов, и опубликовали его в журнале Nature.
Группа биологов под руководством Майкла Бевана из Центра Джона Иннеса в Норвике (Великобритания) использовала новые технологии секвенирования для расшифровки самого сложного и длинного генома — наследственной информации в клетках культурной пшеницы (Triticum aestivum).
Как объясняют исследователи, геном пшеницы крайне сложно «разобрать» и изучить из-за того, что он представляет собой смесь из фрагментов ДНК трех ее диких прародителей. Большое количество повторов, совпадающих и несовпадающих участков затрудняют полноценное прочтение генома, и вынуждают ученых прибегать к нетривиальным хитростям при извлечении цепочки ДНК и ее изучении.
Беван и его коллеги смогли преодолеть все эти сложности, разбив ДНК пшеницы на небольшие кусочки, прочитав их по отдельности и склеив полученные последовательности при помощи суперкомпьютера. В результате этого ученые получили черновую версию генома Triticum aestivum, которая содержит в себе около 17 миллионов нуклеотидов. Для сравнения, геном человека содержит лишь 3 миллиона нуклеотидов.
Несмотря на невысокую точность — всего пять прочтений на нуклеотид вместо 20-30, биологам удалось выделить фрагменты ДНК, связанные с геномами предков пшеницы, известные в науке под условными названиями A, B и D. Кроме того, авторы статьи подсчитали количество генов — около 90 тысяч, и определили функции некоторых из них.
Для этого ученые сравнили полученную последовательность нуклеотидов с уже расшифрованными и изученными геномами риса и ячменя. Сравнение позволило биологам выделить несколько групп генов, отвечающих за приспособленность пшеницы к жизни при различных условиях окружающей среды.
