Заваркин обвиняется в публичных призывах к сепаратизму по ч. 1 ст. 280.1 УК России (публичные призывы к осуществлению действий, направленных на нарушение территориальной целостности Российской Федерации). Она предусматривает наказание в виде лишения свободы сроком до четырех лет.
Пункт ст. 280, по которому обвиняют депутата Заваркина, появился в УК России два года назад с подачи депутатов от фракции КПРФ, которые заявили, что в действующем УК защите территориальной целостности не уделено должного внимания. Эксперты, поддерживающие политику власти, тогда отмечали, что эти предложения получили горячее одобрение в Кремле. О необходимости жестко бороться с проявлениями сепаратизма несколько раз говорил в своих выступлениях и президент России Владимир Путин.
Призывы к сепаратизму местные правоохранительные органы нашли в выступлении Заваркина на митинге в Петрозаводске.
Участники акции требовали отставки губернатора Александра Худилайнена.
В своей достаточно эмоциональной речи Заваркин негативно отозвался о деятельности губернатора: «Приезжал к нам господин Худилайнен не так давно в гости. Очень много рассказывал сказок: все хорошо, все весело. В особенности рассказывал, как он с Путиным встречался. Так вот, Владимир Владимирович, я вам предлагаю: посмотрите, что в Карелии делается. Лес вырубается на корню, все вывозится в Ленинград, Москву, налоги не платятся. Что останется нашим детям здесь — ничего».
В конце своей речи депутат предположил, что граждане, «если их не услышит Российская Федерация», могут провести референдум.
Адвокат Заваркина Дмитрий Динзе рассказал «Газете.Ru», что на первом судебном заседании по делу своего подзащитного у него возникло ощущение, что судье Эдуарду Новоселову, который рассматривает дело, «уже все понятно». «Процесс запущен с места в карьер», — говорит Динзе. Следующее заседание суда намечено на 9 ноября, на нем защитник депутата собирается ходатайствовать о проведении дополнительной лингвистической экспертизы.
Заваркин утверждает, что стал депутатом, чтобы отстаивать интересы земляков. «Я простой мужик, но далеко оставил своих оппонентов», — говорит он.
По мнению заместителя директора Центра политических технологий Алексея Макаркина, местные власти Карелии решили использовать в своих целях высказывания Заваркина. «Представителей оппозиции часто обвиняют в том, что они иностранные агенты, но система доказательств основана на предположениях или фактах, притянутых за уши, а тут сам человек высказывается о сепаратизме, хотя и на эмоциях. Для властей — это доказательство, что те, кто находится в оппозиции к Худилайнену, хотят увести Карелию в Финляндию», — объясняет логику политолог.
В частности, в марте 2015 года глава Совбеза Николай Патрушев заявил, что в Карелии активизировались «финские националисты», которые «маскируются» под правозащитные структуры.
Сам Заваркин говорит, что несколько раз писал Путину, а также местным силовикам о коррупции и злоупотреблениях в крае. На его странице в социальной сети выложен целый фильм, где он рассказывает о бедственном положении региона. «Я писал Путину, писал в Совбез, писал Матвиенко. Комиссии приезжают, но ничего не делается», — сетует он. Депутат уверяет, что он и не помышлял о сепаратизме и считает себя патриотом России, а его обращение о референдуме было просто «криком души». «Мне за державу обидно», — говорит Заваркин.