Создана 15 апреля 1993 г. в соответствии с Постановлением Правительства РФ, подписанного Виктором Черномырдиным. В 1995 г. в результате залоговых аукционов перешла под контроль группы «Менатеп» Михаила Ходорковского. Основные акционеры НК «ЮКОС» владели ей через холдинговую компанию Group MENATEP, зарегистрированную в оффшоре.
1 августа 2006 г. компания была объявлена банкротом, в 2007 г. осуществлялось конкурсное производство, имущество компании продавалось на аукционах с целью покрытия долгов. 21 ноября 2007 г. компания была ликвидирована.
НК «ЮКОС» была одним из лидеров в России по объёмам реализации. С 1995 по 2005 гг. входила в число 10 крупнейших компаний России по версии журнала «Эксперт».
