Сразу же после возвращения в 1991 году на родину вступил в войска Конфедерации народов Кавказа (КНК) в роли руководителя группы «Ведено». В ноябре 1991 года в знак протеста против введения чрезвычайного положения в Чечено-Ингушетии совместно с двумя сообщниками угнал самолет из аэропорта Минеральных Вод в Турцию. Басаев заставил летчиков вылететь в Турцию, где террористы сдались местным властям и после переговоров добились переправки в Чечню в обмен на освобождение заложников.
Осенью 1991 года одновременно с Джохаром Дудаевым выставил свою кандидатуру на пост президента Чечни. После прихода к власти Дудаева создал диверсионно-разведывательную группу, базировавшуюся в 12-м городке Грозного. После начала вооруженного конфликта в Абхазии летом 1992 года Басаев прибыл туда во главе первого отряда чеченских добровольцев. Здесь он за полгода завоевал популярность и авторитет в качестве координатора организации северокавказской помощи абхазскому правительству Ардзинбы. Благодаря этому в январе 1993 года был назначен руководством КНК командующим войсками конфедерации в Абхазии и даже получил должность замминистра обороны Абхазии.
С апреля по июнь 1994 года, по собственному утверждению, находился в Афганистане, где проходил специальную диверсионную подготовку. В ходе чеченской войны 1994-96 годов прославился террористической операцией в Буденновске летом 1995 года, после чего российская прокуратура возбудила против него уголовное дело. После операции в Буденновске весь личный состав вооруженного формирования Шамиля Басаева был представлен Джохаром Дудаевым к званию «Герой Чечни». Трое заместителей Басаева получили орден «Честь нации». А сам Басаев - чин бригадного генерала и выговор за невыполнение поставленной боевой задачи. Выяснилось, что Буденновск не был конечной целью операции.
В декабре 1995 года был одним из руководителей штурма Грозного. В ноябре 1996 года Басаев отказался от предложенного ему поста вице-премьера Чечни в коалиционном правительстве республики. Он пожелал остаться на должности командующего центральным фронтом, возглавляя одновременно таможенный комитет. С сентября 1996 года - председатель таможенного комитета, в сформированном Яндарбиевым коалиционном правительстве ЧРИ.
Во время президентских выборов 1996 года Басаев вновь выставлял свою кандидатуру на пост президента Чечни. Пользуясь значительным влиянием среди чеченцев, он составлял реальную конкуренцию Аслану Масхадову и Зелимхану Яндарбиеву. На выборах получил 23,7 % голосов избирателей (Масхадов – 59,7%). С апреля 1977 года - первый заместитель председателя кабинета министров ЧРИ (промышленный блок).
С начала 1997 г. у Басаева «обостряются серьезные проблемы со здоровьем». 10 июля 1997 года подал в отставку с поста первого заместителя председателя правительства ЧРИ «по состоянию здоровья». Согласно указу президента Масхадова от 15 января 1998 года назначен первым вице-премьером Чечни. В начале 1998 г. Масхадов назначил Басаева исполняющим обязанности премьер-министра и поручил ему сформировать новое правительство.
За время боевых действий в Абхазии и Чечне был восемь раз ранен, семь раз контужен. В январе 2000 года при отступлении из Грозного подорвался на противопехотной мине и лишился правой голени. Страдает сахарным диабетом. Не курит, не употребляет алкоголь. Считает себя истинным мусульманином: чтит законы шариата, пять раз в день совершает намаз (молитву).
30 АПРЕЛЯ 17:44
